Därmed väntas Thabane tvingas bort från makten tidigare än väntat.
Ett av partierna som dragit sig ur är Thabanes eget ABC.
– Thabane leder nu en övergångsregering fram till den 22 maj då en ny premiärminister svärs in, säger ABC:s vice ordförande Sam Rapapa.
Planen är att finansminister Moeketsi Majoro ska bli ny premiärminister, tillägger Rapapa.
80-åriga Thabane har pressats att lämna sin post sedan han och hans fru anklagats för att vara inblandade i mordet på ledarens tidigare fru 2017. Thabane meddelade tidigare i år att han ämnar lämna ifrån sig makten den 31 juli med anledning av sin ålder.
Men hans rivaler har velat att han ska lämna sin post tidigare än så.